Ως προς τις καθυστερήσεις το υπουργείο τονίζει ότι «η καταληκτική ημερομηνία υποβολής αιτήσεων κατάθεσης επενδυτικών σχεδίων ήταν η 28η Φεβρουαρίου 2017. Η αρχική προθεσμία παρατάθηκε δύο φορές προκειμένου να ικανοποιηθούν τα πολυάριθμα αιτήματα όσων υποψήφιων επενδυτών δεν προλάβαιναν να υποβάλουν, έγκαιρα και ολοκληρωμένες, τις επενδυτικές τους προτάσεις. Οι παρατάσεις αυτές αναπόφευκτα τροποποίησαν και τον αρχικό προγραμματισμό ολοκλήρωσης του ελέγχου πληρότητας και νομιμότητας των αιτήσεων».
Ως προς το Πληροφοριακό Σύστημα Κρατικών Ενισχύσεων διευκρινίζει ότι «οι αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου καταβάλλουν εργώδεις προσπάθειες για την έγκαιρη ολοκλήρωση των απαιτούμενων προδιαγραφών του Πληροφοριακού Συστήματος Κρατικών Ενισχύσεων (Π.Σ.Κ.Ε.), το οποίο ήδη βρίσκεται στην τελική φάση υλοποίησης».
Για το ζήτημα του χρόνου πραγματοποίησης δαπανών επί παγίων ανέφερε ότι οι φορείς των επενδυτικών σχεδίων έχουν εκ του νόμου τη δυνατότητα να πραγματοποιούν επενδυτικές δαπάνες, οι οποίες μπορεί να θεωρηθούν επιλέξιμες εφόσον έχουν πραγματοποιηθεί από το χρόνο υποβολής της αίτησης υπαγωγής στο νόμο και εντεύθεν.
Για τη δυνατότητα χρήσης του δικαιώματος φορολογικών απαλλαγών: Ο ν.4399/2016 (άρθρο 20 παρ. 1α) ορίζει ότι το δικαίωμα έναρξης χρήσης της ωφέλειας του κινήτρου της φορολογικής απαλλαγής θεμελιώνεται με την πιστοποίηση της υλοποίησης του 50% του κόστους του επενδυτικού σχεδίου από το αρμόδιο όργανο ελέγχου. Συνεπώς, δεν προβλέπεται η δυνατότητα χρήσης του κινήτρου της φορολογικής απαλλαγής, σε χρόνο προγενέστερο από το χρόνο υλοποίησης του 50% του κόστους του επενδυτικού σχεδίου, υποβολής σχετικού αιτήματος ελέγχου και πιστοποίησης της υλοποίησης από αρμόδιο όργανο ελέγχου.