Ο σκηνοθέτης αντιμετώπιζε προβλήματα με την καρδιά του, ενώ το τελευταίο διάστημα είχε νοσηλευτεί σε σοβαρή κατάσταση σε νοσοκομείο.
Γεννήθηκε στην Αθήνα, αλλά οι γονείς του, από ατελείωτες γενιές Κρητικοί, δεν ανέχονταν να πολιτογραφηθεί σαν Αθηναίος. Τον μετέφεραν στην Κρήτη, τυλιγμένο σε μία πάνα, ώστε να γραφτεί στα δημοτολόγια του Αγίου Νικολάου της Κρήτης στις 15 Δεκεμβρίου του 1926.
Είναι γιος του δικηγόρου και πολιτικού Ιωσήφ Κούνδουρου. Σπούδασε ζωγραφική και γλυπτική στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας από την οποία και αποφοίτησε το 1948.
Στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο είχε ενταχθεί στις τάξεις του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ, και μετά τον πόλεμο εξορίστηκε στη Μακρονήσο, λόγω των αριστερών φρονημάτων του. Σε ηλικία 28 ετών ασχολήθηκε με τον κινηματογράφο.
Έκανε το ντεμπούτο του ως σκηνοθέτης, το 1954 με την ταινία Μαγική Πόλη και καθιερώθηκε με την ταινία Ο Δράκος.